Lincoln blev hurtigt udtaget til førsteholdet i fodbold.
Allerede da Lincoln var 17 år i 1996 fik han debut for Atletico Mineiro i hjemlandet Brasilien. Han blev opdaget af træneren Carlos Alberto Silva, som straks så at her var der muligheder for at få udviklet et virkeligt talent. Allerede året efter var Lincoln med til at vinde Conmebol Cup i hjemlandet og var en af de bærende kræfter på holdet allerede den gang.
Han har da spillet lidt fodbold for Brasilien.
Lincoln blev i 1999 som 20 årig udtaget til det brasilianske olympiske landshold, hvor han spillede 2 kampe mod, Australien og fik fuld tid i begge kampe. Han blev udtaget af den Brasilianske træner Vanderlei Luxemburgo. Desværre er han siden blevet fundet for dårlig af alle de Brasilianske landstrænere der han været og har ikke siden spillet en landskamp for Brasilien.
1999 var et godt år for Lincoln som fodboldspiller.
Året 1999 har været et godt år for Lincoln, og det er nok også et af de år han husker bedst i sin fodbold karriere. Året 1999 startede med at Lincoln blev udtaget til det Brasilianske olympiske landshold, hvor han spillede 2 kampe mod Australien. Han prøvede at være i finalen om det Brasilianske mesterskab, som Atletico Mineiro desværre tabte til Corinthians. Lincoln scorede også det mål som sørgede for at Atletico Mineiro vandt Minas Gerais State Championship.
